卡勒姆·林奇(邁克爾·法斯賓德 飾)在死刑即將執行之前清醒過來，發現他被索菲婭(瑪麗昂·歌迪亞 飾)選中，來參加一個能讓人類擺脫暴力沖動的計劃。虛擬現實機器Animus能讓用戶體驗祖先的記憶，被綁在機器上之后，卡勒姆·林奇意識到他是生活在西班牙宗教法庭時期一位刺客阿圭拉的后裔，他們尋找的是可以控制自由意志的伊甸園蘋果。索菲婭在父親艾倫(杰瑞米·艾恩斯 飾)施加的壓力下不情愿地操縱著卡勒姆·林奇回到過去尋找伊甸園蘋果在現代世界的下落，威脅著他身體和心理的健康。但在殺手同行穆薩(邁克爾·威廉姆斯 飾)暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾倫有可能動機不純之后，卡勒姆·林奇開始重新考慮他的行為和動機，而人類自由意志的命運也變得懸而未決……