城市在恢復平靜后，大反派重新召集舊部卷土重來，并勾結外星惡勢力朗格試圖稱霸地球，忍者神龜萊昂納多(皮特·普勞澤克 Pete Ploszek 飾)、拉斐爾(阿蘭·里奇森 Alan Ritchson 飾)、多納泰羅(杰瑞米·霍華德 Jeremy Howard 飾)和米開朗基羅(諾爾·費舍 Noel Fisher 飾)與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾(梅根·福克斯 Megan Fox 飾)、韋恩·芬威克(威爾·阿奈特 Will Arnett 飾)，及面具義警凱西·瓊斯(斯蒂芬·阿梅爾 Stephen Amell 飾)并肩作戰打擊惡徒。在史萊德(布萊恩·泰 Brian Tee 飾)逃脫拘留后，他與瘋狂的科學家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞 Tyler Perry 飾)及其兩個笨拙的左膀右臂豬面和牛頭聯合，發布了一個控制世界的惡魔計劃。在神龜們與史萊德及其同伙對抗的同時，他們發現自己正面臨著一個更邪惡的力量大反派格朗，神龜們面對的將是宇宙級的強大對手。