現為公安九課少校的草薙素子(坂本真綾 配音)，按照課長荒卷大輔(塾一久 配音)的指示外出調查運輸機被神秘并機的事件。結果途中遭到巴特(松田健一郎 配音)率領的武裝分子的襲擊。與此同時，遍布全國的交通管制系統也意外癱瘓。一切源于前七八聯合部隊的長官曾我和哉(澤木郁也 配音)，他因制造難民虐殺事件遭到國家指控，而他的下屬堅信這一切都是國家陰謀。曾我不甘被污，因此試圖通過網絡揭露大國的丑行。素子在調查過程中漸漸了解真相，而她也朝著組建自己的部隊邁出重要的一步…… 本片為攻殼機動隊前傳“ARISE”的第二部。