在地勢險峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇寶貝凱爾迪奧(中川翔子 配音)追隨傳說中的圣劍士克巴路歐(山寺宏一 配音)、泰利奇歐(安元洋貴 配音)、比利基恩(本田貴子 配音)修行，朝著圣劍士的目標持續努力。自不量力的凱爾迪奧不聽三位老師的忠告，貿然向龍系最強的神奇寶貝酋雷姆(高橋克實 飾)發起挑戰。及至交手時才發現自己遠遠不是酋雷姆的對手。關鍵時刻，三位圣劍士出現，為拯救弟子而甘愿犧牲自己。傷痕累累的凱爾迪奧落荒而逃，恰巧遇見正在修業旅行中的小智(松本梨香 配音)、天桐(宮野真守 配音)和艾莉絲(悠木碧 配音)一行，而憤怒的酋雷姆也尾隨而至。新的戰斗意外拉開序幕……