因雙親要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年為期限住在了舅父的家里。之后轉校到八十神高中的他得知一個深夜電視的傳言在雨夜的十二時，只要看著關閉著的電視屏上自己的臉，就會浮現出另一個人的映像。主人公與同伴為了確認這一傳言是否屬實，不料被拉進了異空間，在那里被稱為暗影的怪物襲擊，與怪物接觸時主角一行人的Persona能力覺醒。為了掘開深夜電視與連續殺人事件之間的關系，以及避免其他人被卷入該事件，他們組成了特別搜查隊展開了戰斗。