在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉(婆裟羅天明 飾)、達拉姆(松田優 飾)及女領袖卡美拉(芳本美代子 飾)。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古(長野博 飾)與柳瀨·蕾娜(吉本多香美 飾)相知相守，即將步入婚禮的殿堂。可是邪神指揮其爪牙向人類世界發起進攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對當前的危機束手無策。