螞蟻男孩佩爾比以往任何時候都受人關注，他打敗了仇敵“跳蚤”，現在跳蚤被關進了一家研究所的監獄里。佩爾轉眼13歲了，他也已經習慣了超級英雄的身份。在理想狀態中，佩爾的搭檔艾達會是他的女友，但現實的情況是復雜的，艾達現在有一個意想不到的對手那就是學校里一個小男孩，這個小男孩獨來獨往，他不僅不斷阻止艾達接近佩爾，而且還是一位比跳蚤還要厲害的對手。更可怕的是，佩爾逐漸發現自己被控制，但是現在他遇到了一個新的也更強大的敵人，敵人有隱身的技能，難以琢磨，經常使他陷入困境之中，此時，一個超級大反派也宣布到來，佩爾面臨著前所未有的挑戰。