時為公元2202年。自從宇宙戰艦大和號從那場單程長達16萬8000光年、通往伊斯坎達爾的壯大航海中回歸以來，已經過了3年。在“宇宙恢復系統”之下取回先前藍色樣貌的地球，與卡米拉斯帝國締結了和平條約。在復興的同時，為了防衛而進行的包含最新銳戰艦安德洛墨達在內的新銳艦隊的整備工作也在推進中。伊斯坎達爾的絲塔夏的愿望也化為烏有，地球開始邁向擴軍之道。這真的是在無可替代的多數犧牲之后，大和所達成的真正的和平嗎？期盼宇宙平穩的女神特蕾莎的祈愿，將大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特蘭蒂斯的威脅，正在逼近地球。