曾經有一場被稱作“厄祭戰”的大型戰爭。那場戰爭終結后過了大約300年。地球圈失去了至今為止的統治機構，在新的支配體系下，新世界被構筑起來。一時的和平到來，與此同時，遠離地球的火星圈燃起了新戰爭的火種。主人公少年三日月·奧古斯，從所屬的民間警備公司克律塞安保公司(下稱CGS)那里，接受了打算讓在地球勢力統治下的火星都市獨立的少女庫德莉亞·藍那·伯恩斯坦的護衛任務。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力組織加拉爾霍恩的襲擊，于是在把三日月這些孩子當做誘餌后撤退了。少年們的領袖，奧爾加·伊茲卡認為這是個機會，并決定對虐待自己的大人們掀起反旗。被奧爾加托付擊退加拉爾霍恩的三日月，利用被當做CGS動力爐來使用的“厄祭戰”時代的機動戰士高達·巴巴托斯，向敵軍發起挑戰。