過去大戰時期，日本帝國陸軍為將咒術運用在軍事上而建立陰陽寮，并派任傳說中陰陽師安倍晴明的后裔、土御門家當家的天才陰陽師土御門夜光擔任統領，成功締造日本咒術界的改革，成為現代咒術之父。大戰末期，處于敗勢的帝國陸軍要求夜光實行大規模咒術儀式以挽回局勢，但結果儀式失敗，不僅做為執行者的夜光身亡，還強烈地擾亂首都東京的靈氣，使東京百鬼夜行、妖魅縱橫。直到了戰后陰陽寮改名陰陽廳，負責處理日本各地－主要是東京－發生的靈力災害，而陰陽師也因而活躍在現代的舞臺之上。土御門春虎是個出生土御門家的少年，雖身為陰陽師名門后代，卻毫無陰陽師才能，過著一般人的生活。某年夏天，春虎遇見了他的童年玩伴，也是土御門家的下任當家的少女夏目。過去曾允下承諾如今卻分道而行的兩人，在此刻相見之后，土御門的歷史開始轉動了起來......