故事的舞臺是互聯網系統發達的都市[DEN CITY]。在那里有經由巨型企業[SOL技術社]通過高度的網絡技術構筑而成的被稱為[LINK VRAINS]的VR空間。人們都在那個VR空間中為體驗到全新的決斗而狂熱。可是在[LINK VRAINS]中卻出現了利用決斗來進行黑客行為的謎之黑客集團[海諾因騎士團]。而他們的目標是將存在于互聯網的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅。然而在世界受到這樣的威脅時，有一名決斗者站了出來。而他的名字正是[Playmaker]。在那場傳奇的戰斗中，[Playmaker]使用壓倒性的決斗將[海諾因騎士團]打倒，成功捕獲了[SOL技術社]和[海諾因騎士團]都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后卻突然消聲匿跡了，而他的名字就在互聯網的世界中一瞬間變得聲名遠播，成為了傳說。而現在，作為[Playmaker]的正體的某位高中生藤木游作，為了尋找過去發生的某件事件的真相，對再次在[VRAINS]出現的[海諾因騎士團]展開了追擊...... 以此為契機，命運的齒輪就此轉動……迷之AI的真身，[海諾因騎士團]盯上[Link Vrains]的目的，以及隱藏在游作過去的真相到底是所有的答案，都在[Link Vrains]中