故事的舞臺(tái)是互聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)發(fā)達(dá)的都市[DEN CITY]。在那里有經(jīng)由巨型企業(yè)[SOL技術(shù)社]通過高度的網(wǎng)絡(luò)技術(shù)構(gòu)筑而成的被稱為[LINK VRAINS]的VR空間。人們都在那個(gè)VR空間中為體驗(yàn)到全新的決斗而狂熱。可是在[LINK VRAINS]中卻出現(xiàn)了利用決斗來進(jìn)行黑客行為的謎之黑客集團(tuán)[海諾因騎士團(tuán)]。而他們的目標(biāo)是將存在于互聯(lián)網(wǎng)的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅。然而在世界受到這樣的威脅時(shí)，有一名決斗者站了出來。而他的名字正是[Playmaker]。在那場(chǎng)傳奇的戰(zhàn)斗中，[Playmaker]使用壓倒性的決斗將[海諾因騎士團(tuán)]打倒，成功捕獲了[SOL技術(shù)社]和[海諾因騎士團(tuán)]都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后卻突然消聲匿跡了，而他的名字就在互聯(lián)網(wǎng)的世界中一瞬間變得聲名遠(yuǎn)播，成為了傳說。而現(xiàn)在，作為[Playmaker]的正體的某位高中生藤木游作，為了尋找過去發(fā)生的某件事件的真相，對(duì)再次在[VRAINS]出現(xiàn)的[海諾因騎士團(tuán)]展開了追擊...... 以此為契機(jī)，命運(yùn)的齒輪就此轉(zhuǎn)動(dòng)……迷之AI的真身，[海諾因騎士團(tuán)]盯上[Link Vrains]的目的，以及隱藏在游作過去的真相到底是所有的答案，都在[Link Vrains]中