近未來的東京。汽車排成長龍，火車穿梭往來，人流熙攘一幅尋常的日常生活景象徐徐展開。突然，城市上空出現了一個黑點。黑點迅速擴張，吞噬了整座城市。汽車、火車、行人東京被一個直徑數十公里的黑色穹頂“黑點”所籠罩。就在黑點停止擴張之際，東京晴空塔巍然屹立，險些被吞噬。人們目瞪口呆地看著這詭異的景象。就在這時，一個東西從黑點內部逼近。在絕望和看不到盡頭的困境中，人們將這個從黑點而來的人稱為“億萬敵人X”，簡稱Zex。