2055年。手のひらサイズの小型ロボット[LBX]は世界最高のホビーと稱され、プロリーグの設(shè)立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學(xué)校[神威大門統(tǒng)合學(xué)園]に転入した少年、[瀬名アラタ]と[星原ヒカル]を待っていたのは、想像を超える出來事であった。學(xué)園の地下に広がる、直徑10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、[ウォータイム]という學(xué)園獨自の謎の規(guī)則。そして、LBX完全破壊(ロスト)による退學(xué)…。クラス委員長[出雲(yún)ハルキ]のチーム[第1小隊]に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通稱[ジェノック]のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く學(xué)園の謎を背景に、壯絶な運命へと身を投じる――！