2055年。手のひらサイズの小型ロボット[LBX]は世界最高のホビーと稱され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學校[神威大門統合學園]に転入した少年、[瀬名アラタ]と[星原ヒカル]を待っていたのは、想像を超える出來事であった。學園の地下に広がる、直徑10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、[ウォータイム]という學園獨自の謎の規則。そして、LBX完全破壊(ロスト)による退學…。クラス委員長[出雲ハルキ]のチーム[第1小隊]に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通稱[ジェノック]のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く學園の謎を背景に、壯絶な運命へと身を投じる――！