因為偷稅事件，曾經處于精英組的百合根友久(岡田將生 飾)被踢到早先成立的科學搜查班(ST)擔任指揮官，通過之前的合作，雖然百合根始終未能完全接受青山翔(志田未來 飾)、結城翠(蘆名星 飾)、黑崎勇治(漥田正孝 飾)、山吹才藏(三宅弘城 飾)以及ST實際領導者赤城左門(藤原龍也 飾)這群怪人的行徑，卻也為他們自身那極度專業和見斥于周遭的氣息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一課，一面又打算多守護ST的各位一段時間。隨著作為后盾的三枝警官(渡部篤郎 飾)的離開和ST新任監查松戶紫織(瀨戶朝香 飾)的到來，ST面臨生死存亡的危機。赤門漸漸走出家門，百合根則成為遏止這頭怪物不可或缺的重要存在…… 本片根據今野敏的原作改編。